大井川源流部にある中部電力の二軒小屋発電所（最大使用水量毎秒11立方m）、赤石沢発電所（同7立方m）が国の水利権許可更新が認められないまま稼働を続けている問題で、田辺信宏静岡市長が「（国の許可に当たって）南アルプスユネスコエコパークへの配慮が必要」などとする異例の意見書を川勝平太静岡県知事宛に送ったことがわかった。
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川勝知事は4月13日、リニア問題を争点に6月3日告示の知事選（20日投開票）へ4期目の出馬表明をしたばかり。リニア問題では「世界の宝である南アルプスエコパーク保全は国際公約」などと再三、述べる知事に、ダムの自然環境へ与える影響こそ大井川最大の水問題と指摘する意見も多く、田辺市長は、知事選を前に痛烈な“牽制球”を川勝知事に向かって投げたようだ。
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静岡県の主張を大井川の利水者や流域の自治体、住民の一部が賛成しているのに対して、JR東海にはリニア中央新幹線建設促進期成同盟会（東京都、神奈川県、山梨県、長野県、岐阜県、愛知県、三重県、奈良県、大阪府）が後押しする対立構造ができている。

　とくに愛知県の大村秀章知事は「リニアは国策事業だ。開業の遅れは到底受け入れらない」と、川勝知事の対応に批判の色を強める。三重県の鈴木英敬知事も、「今まで色々（いろいろ）な人たちが努力して積み上げてきたことにもう少し誠実に対応してほしい」と、川勝知事批判を行っている。対する川勝知事は、「自分（JR東海）の立てた計画を金科玉条のごとく相手に押しつけるのは無礼千万」と、JR東海に矛先を向ける。
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着工できないのは、許可権限を持つ静岡県が工事を認めないからだ。理由は、南アルプスを源流とする大井川の水問題。

トンネル掘削で湧き出る水が静岡県外に流出し、県民約６２万人が生活用水で使う大井川の流量が減る懸念がある。ＪＲ東海の試算では湧水（ゆうすい）は毎秒最大２トン。

ＪＲ東海は全量を戻すと表明していたが、工事の一定期間中は流出することが判明し、川勝平太・静岡県知事は「一滴も譲らない」と態度を硬化させた。

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「知事は、JR東海には命の水と言われている大井川の水を一滴たりとも渡さないと言いながら、あの田代ダムから毎秒4.99t（が）東京電力の発電用として山梨県側に流れている。あの水はわれわれの命の水──大井川の水ではないのでしょうか」（カッコ内（が）は筆者補足）

　「その（田代ダムの）水には一切触れようとしない。同じ命の水なんです。JR東海には敵対心丸出し、東京電力には沈黙。これはどういうことでしょうか」
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どれくらいの期間、どれくらいの量が県外に流出するのかという点については、トンネル湧水を大井川に戻す設備が完成するまで約10カ月かかり、その間に山梨県側に流出するトンネル湧水の量は300〜500万立方メートルという数字がこれまでの会議でJR東海から示されている。

一方で、大井川下流域の河川流量は年間10〜28億立方メートル、平均19億立方メートルであることも示されている。つまり、河川流量が少ない年でもトンネル湧水が大井川下流域の河川流量に占める割合は0.5％にすぎない。この数字が正しければ、全量戻しにならなくても、流域利水者への影響は小さいということになる。
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難波副知事は有識者会議の議論に厳しい注文を付けることも多いが、JR東海から新たなデータが出たり、議論が進展したりしたときはきちんと評価している。ところが川勝平太知事は有識者会議を軽視する発言が目立つ。

「私(※難波副知事)は有識者会議が回を重ねるごとに科学的、工学的な議論が少しずつ積み上がってきているという部分を見ている。一方で、知事は地域住民の理解が得られるかという観点から見ている。そういう面から見ると、有識者会議の議論はまだ十分ではない」
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